When you edit the page, inside the marks /tclwork( and /tclwork) you put Tcl code to be evaluated in a Safe Interpreter.

The Safe Interpreter has two extra commands: Echo and ReadAttachment. (ReadAttachment has a limit of 1MB file size.)

See demo below. Notice you can end a command with ;list to prevent its result from being printed (perhaps if it's too big, like set big ...).

For learning Tcl: Learn these basic syntax rules http://www.tcl.tk/man/tcl8.4/TclCmd/Tcl.htm and this introduction http://artkast.yak.net/16/Tclintro.pdf

[EDIT to add more Tcl commands]

1

# test simple command

info globals

tcl_interactive tcl_version tcl_patchLevel tcl_platform

2

# a trivial function taking a number

proc twice x { expr {$x+$x}}

3

twice 44

88

4

twice three

ERROR: can't use non-numeric string as operand of "+" while executing "expr {$x+$x}" (procedure "twice" line 1) invoked from within "twice three" invoked from within "sub eval $code"

5

# return also works

return 8

8

6

return 9

9

7

# another simple function, taking any string

proc double x { return "$x$x" }

8

double 44

4444

9

double three

threethree

10

# read in the PhreakNIC7 code, and split into lines

set lines [split [ReadAttachment pn7.txt] \n] ; list

11

foreach x [lrange lines 0 7] { regsub -all {....} $x {& } x; Echo $x }

line s

12

# show the entire file

foreach x $lines { Echo $x }

CaCACTAaACgaTaTtTACcGCgaTATgCACTGAtcCAcTGatgAcGCgCGtGAcGGcgCTcGcgatatatCAcGtGaTC TAtgAcgACcgaTatCAAcaAACacaCaCTACTatGAATCGcGaTAcTGcGtGCgTcaTaACGACAccGATTtACtGATG CatGgATTTAtcGaCtGaTcGATgcACtGaTGgATagACTGCGtAACTGCggacgaGCGtACgCtatACcgtGAcaaACa cacacGCGCCGaGacTgATcTaTgcActgAtAgCgtcAtAcaCaAACTGtaGaaTGaATgTATttaCtGATTAatGaACT gcgGACGACaTcAACtgaTgGAtTCatATcGtAcgagACTgATcCCGTGCgaGATaCATgCCgtcACtgAtaacGtccGA cacaaACTgTAgTATCGCGgaACtgatCAATcGAtTccgaTcgGTCGTGAtAGACtGcGgTATACAttAaCcGAtccaTG AACTGcGgCCgTgAtTTCgaCaTCCcgaCATCccgtcAcTGATaTATCAactgCgagAtcCATCcactgATccCGtGCGG TcggTcGgTatggAtAcCgctCGacacaaAcACaCaCTAGCatcaAtATactGtagcaCtGATCTatgtAtACAccGcGA TactgCGgAatgCatgcatcgActgCGaGATCCattccGGccgaCatggCggtAcAaaCtGTAGAactGatcacggTAtc CCgtGActGgCcGcgcTcGaGACTTaCtgtAcCaCtGcGTgCGTAaTgGCgAtACtgatgGAtAtataGCgGaCggTcGc taCtTACTGgcGTaCTgCgCgATTAATtTATTTActGcGTCAtcTATGtatcGACtgCggCaTacCgaCAtAtCgtcCGg TActtaCTgTAtCACTGataTcGCGataTcGAtActGatcAcgacCgGTaTgGattACGGTaTaGAcTtACtgtaaCaCT GcgaGatcgAtcCatccactgCgTGcGtGCGAGataCATtcatgtCgAgcggcAcTTactGTaGcaCtGATCGAtctCGA gcgctAcTgAtaAAtAaCgaTAcAaacacACaCgcagATacaCtGcgtCCGTCaTaTCgTAaCTGcgcGcgaccggcAcT GATaTATCTactgAtGGCgtGcgcgAtttATACAcaAacTGGcgCCgGtCggtACtgattaATgtaTaGATCGAtgaAtG GcgaTcGTgactgAtTCatccATatcGtAactGcGATcGgCatTAataaActGatgGCggCAtGcaCtGCGTAcgtcATt taTGcATttaCTTActGAtCaatataCTgATaCaTAgCggCaCTgTACaaTCgcGctcgTaATgcCgCgatctcGTcAtc AcGACaTtccGTAacTGCgGcatggATAaatcTAcTtactgATAtatgGAtTaactgCGGTaTCtaTTcaTgCATCCCga gcGCtCgtCACTgACAgCGTccGATAtTtatgtaCAgAcTgCGCtATTCaTCgAtCGaTAtaCaAAcTggCGACgcgAtT tATggACTGaTacCgCTAtGaACtgAtGaatctCGAcActGaTAtCGCgATCgCgcgCGTcactGaTCtATaaACTgaTg AAtAgATCtAtctAtAtaCtgAtatATAaCGCGATAAatcccTCaActGatGtatcgCGGacGAtaCTgcGcTATCgATa CACTgatcACGTgCGgcACTgaTtCaTAAcgGTatGtcggcACAaacaAACAAacAcACActAaAAcTgcgtcATCTaTC GaTTTacTgaTCTCggACgGcACTgAtctAtGaaCtGatGAATCccGgAcGAccGtGatTtacttaCTgAtcGaTAacGT aAtCtatcgaCtTaCtgATCcCGGCaTGcATtAatGacgtgaTtTaCTTaCTgatcTaTGtAttTCGTGcGgtcGACatG GacTtactgATCaAtgtaTCgattCaTTTcgTGatTtacttACTgAttTCGTGaTgtatGaATCtcgacAtTtATtcAtc caCTtActGCGAtaTtcaCTgaTgTCgAgcggcaTCTatGaaTGcatgAaTTTacGaaCAcaCaCtACCcgAcAtGaact gATGCaTgaCGAcCggccGGaAtcAaTAcATGgcGTaaTCTaCTGcgGCAtAcatgtACTgAtaCCGGaATCaatTacgg aaTGaatcGCGTaaCtgcGGCcgGAAcTgCGTaCgtaAtCaaTctcgaCCgGtatgcACCGcGGAACTgCGTCATCTatc gCgTaacaaACTggcGtcGAcATGAaCTGcggaatAcatgcATGacgaCcgGccggaATCaATacATGgCGTAaTCtACT GcgGcatacaTAcACtgaTTcCGGTATCTattaAtGaCGgcCgTacggcaCTgcggAatCaactgcGTaATatCGGaCGC TcGTGatcgCgGcactgCGTaatCaaTCtcgaCCGGtATgCCgGcactgcGGacgAcaCTgATAACGGaCGTCAcTgATC tAtCGAtggAtgcaCAAaCacAcaCtACgACTgATTCcGaccGGtcGaCACTGcgTacGTAAtCaatCTcgaccGGtATG caCTgaTcGcgTcactgCgGAatCAAtTcactgCgGtCGaCatGaatgcaTGaActgATCTcGctaCTGaTcgCGTCact gCgGCCgAcatTtATTCAcTgCGGCCGGaActGATCtATGaACTGcGgaATAcaTcACGATatGaATCCAtGgatGCatg tACAaACAcaCAcgCtCAtGaCGGaCGGcacTGATCcATTCACAaACtGtacaAtGcCGGCaTCAcGCtAtacaTTcATC GAcTGCgTaAtCtatttcGCTaTGaaTCtcgcTCGTCacTgaTCtCggCACTgATCGCGCTcgtgCGACacTGatCtatt aaTGAcgCTCGTgcGgCaTGcaTctcgGAaCTgcgGAatgcAtTCatacacTgATCtaTGtATCGaTCAcgTcaTCaaTG GatCcatgcATGgACtGCGTcaTaACGTaATcTACAaacAcaCActAgCaTCGatGcATGCatCTAcTgCGtaAtGaatt aaCtgATgtCGaCaTgCCGtaaTGAACTGcgCTCgGtcggtATCtactGATGcATCcACTgaTacatGacgcgATGaCGC TcGACaTgcCGCtAtgcACTgaTgCATGTcgCgCgGcatgacGTAaTgcaCTgaTgCATGAacTgcGACcgAcaTCcATT CatggCGtGCgTgattCAcTGaTGTAcTgataTAtGTaTGTAtGgattAcgTAaCTGatGcattTCgACcGACatgAATt catgCaTTCCgcTaCTgAttACgCtatacCGaccGTAcGaCActgCggtAtgCaTGCAtaTATTCAtgcCgTAaCtgaTg GcGtAATAAatTtCGCTatgCcGCTActgCGgTCgtAAtGcatcCATTaatgTcGtaacTGcgtGatTTaTTcacTGCGg cATgCATTTcgtgAtttCgtGaCAaAcacAcACTagCaTGCaTgTCGCTCggCcgtAAtgTATCtCgacCgtacgtaATt aAcgaAcTgtaaAcGCtcggcAtGCAtccCGctcGTGaCtGatctCgtaAtcTaTCTatgCAtCcacgaACtGtagCAtG tCGgtcGcTcGtACGCTatGCACTgatgcAtAAactGcgTAatgTATAacgcTcgtACgctCgCTcgaTATTaaCtTacT GaTcCATGCAtAAAtaccgCGCGAcaTCTcGtACgcgAtttactGcGCTCgcGAcTgatgTataAcGacaTtCaTtTCGA CacGAACAcAcacTAGCCgtaCGtAcgtAaTCtActGcgCTcGaCATGAcGacATGcaTctAtaCatgcAtCTattCcGT AATtTACTGATcTatGgaTaAATGTaTccATCaaTtcaCTGcgatAcTGCgtAcGTAATgAATGCcggTcGCtactGatt CcGgTCGGTcgacAcTGatcCaTGCCggCAtGcACtGATGTAtGtaTGcActGAtCtcgaCATGcatgcATgAACtGATC CAtcCatccAtaACgtGATgCCGTAactGatcccgtgAtTtatccATgAATgGATATacTGcgATattTactgcgacATc CAtgCAtCCaTgCatCCcGcTACAAAcTGgcGcatTTatGcAtGCaTTaatTcAtcTaTGCcGgCactgAtgacgcTaCT GAtgtaTGaATgcaCtGATcCACTGAtttCGctatgTCgGcAtgtAcTGAtcCCgTaActGATaaATaCATGAAtcGCGA cActgATaaCgtaAtGTAtgaATgTAtgTactgAtcTatgACgtAactgCgcTatGgCgctcGTaACTGCGgtATGAAtT CCGTACGTGACAAACADNAsRevengebyPopejonnyXPhreakNIC7Nocluesforboozethistimefuckers! http://phreaknic.org/pn7.txt

13

# read it in again, deleting everything from "DNA" onwards.
# then inset spaces to show quadgraphs.

if 1 {
  set all [ReadAttachment pn7.txt]
  regsub {DNA.*$} $all {} some
  set big {}
  foreach line [split $some "\n"] {
     regsub -all {....} $line {& } line
     lappend big $line
  }
}

100

# Many patterns are visible in the following figures which
# focus on some different letters or groups of letters.
# Notice the strong vertical patterns -- as if the message
# is actually written vertically instead of horizontally.

foreach x $big { Echo [string map {c . C . g - G - t , T ,} $x] }

.a.A .,Aa A.-a ,a,, ,A.. -.-a ,A,- .A., -A,. .A., -a,- A.-. -.-, -A.- -.-. ,.-. -a,a ,a,. A.-, -a,. ,A,- A.-A ..-a ,a,. AA.a AA.a .a.a .,A. ,a,- AA,. -.-a ,A., -.-, -.-, .a,a A.-A .A.. -A,, ,A., -A,- .a,- -A,, ,A,. -a., -a,. -A,- .A., -a,- -A,a -A., -.-, AA., -.-- a.-a -.-, A.-. ,a,A ..-, -A.a aA.a .a.a .-.- ..-a -a., -A,. ,a,- .A., -A,A -.-, .A,A .a.a AA., -,a- aa,- aA,- ,A,, ,a., -A,, Aa,- aA., -.-- A.-A .a,. AA., -a,- -A,, .a,A ,.-, A.-a -A., -A,. ..-, -.-a -A,a .A,- ..-, .A., -A,a a.-, ..-A .a.a aA., -,A- ,A,. -.-- aA., -a,. AA,. -A,, ..-a ,.-- ,.-, -A,A -A., -.-- ,A,A .A,, Aa.. -A,. .a,- AA., -.-- ..-, -A,, ,.-a .a,. ..-a .A,. ..-, .A., -A,a ,A,. 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101

foreach x $big { Echo [string map {a . A . g - G - t , T ,} $x] }

C.C. C,.. .C-. ,.,, ,.Cc -C-. ,.,- C.C, -.,c C.c, -.,- .c-C -C-, -.c- -c-C ,c-c -.,. ,.,C .c-, -.,C ,.,- .c-. Cc-. ,.,C ..c. ..C. c.C. C,.C ,.,- ..,C -c-. ,.c, -c-, -C-, c.,. .C-. C.cc -.,, ,.C, -.,- C.,- -.,, ,.,c -.C, -.,c -.,- c.C, -.,- -.,. -.C, -C-, ..C, -C-- .c-. -C-, .C-C ,.,. Cc-, -.c. ..C. c.c. c-C- CC-. -.c, -.,c ,.,- c.c, -.,. -C-, c.,. c.C. ..C, -,.- ..,- ..,- ,.,, ,.C, -.,, ..,- ..C, -c-- .C-. C.,c ..C, -.,- -.,, C.,. ,c-, .c-. -.C, -.,c CC-, -C-. -.,. C.,- CC-, c.C, -.,. .c-, cc-. c.c. ..C, -,.- ,.,C -C-- ..C, -.,C ..,c -.,, cc-. ,c-- ,C-, -.,. -.C, -c-- ,.,. C.,, ..Cc -.,c c.,- ..C, -c-- CC-, -.,, ,C-. C.,C Cc-. C.,C cc-, c.c, -.,. ,.,C ..c, -C-. -.,c C.,C c.c, -.,c cC-, -C-- ,c-- ,c-- ,.,- -.,. cC-c ,C-. c.c. ..c. C.C. C,.- C.,c ..,. ,.c, -,.- c.C, -.,C ,.,- ,.,. C.cc -c-. ,.c, -C-- ..,- C.,- c.,c -.c, -C-. -.,C C.,, cc-- cc-. 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G.TC .AT. .ACT ..T. AA.A .ATC .A.. .A.A ..C. .A.. .ATA .CGC GATA A... ..TC .A.. G..G .... .CGG ..GA ..CT ..G. TATC .AT. CACT .... ACGT .CG. .ACT ..T. C.TA A..G T..G .... .ACA .... AACA A..A .ACA ..A. AA.T .... .ATC T.TC G.TT T..T ..TC TC.. AC.G .ACT .A.. .A.G ..C. G..G AATC ..G. A.GA ..G. G..T .... ..CT .A.. G.TA ..GT .A.C .... ..C. T.C. .ATC .CGG C.TG .AT. A..G .... ..T. T.CT T.CT .... T.TG .A.. TCGT G.G. ..GA C..G G..T .... .ATC .A.. ..TC .... C.TT T..T G..T .... .ACT .A.. TCGT G.T. ...G .ATC .... .A.T .AT. .A.. ..CT .A.. GCGA ..T. ..CT ..T. TC.A .... ..TC T..G ..TG .... A.TT T..G ..CA ..C. C.AC C..A .A.G .... .ATG C.T. .CGA .C.. ..GG .A.. A.TA .ATG ..GT ..TC T.CT G..G CA.A .... .ACT .A.. CCGG .ATC ...T .... ..TG .... GCGT ..C. ..GG C..G AA.T .CGT .C.. .A.C ..T. .... CC.G .... .ACC G.GG AACT .CGT CATC T... .C.T .... .ACT ...G ..GA .ATG A.CT G... ...A .... .ATG .... C..G .... .ATC .AT. .ATG .CGT A.TC .ACT G..G .... ..TA .AC. ..TT .CGG TATC T... .A.G .CG. .C.T .... ..CT .... 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foreach x $big { Echo [string map {A . C . G . T .} $x] }

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foreach x $big { Echo [string map {a a A . c . C . g . G . t . T .} $x] }

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foreach x $big { Echo [string map {a . A . c . C . g g G . t . T .} $x] }

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111

foreach x $big { Echo [string map {a . A . c . C . g . G G t . T .} $x] }

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foreach x $big { Echo [string map {a . A . c . C . g . G . t t T .} $x] }

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113

foreach x $big { Echo [string map {a . A . c . C . g . G . t . T T} $x] }

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200

# Read a dictionary file, and find all words
# containing only letters [acgt]

set words [split [ReadAttachment linux.words] \n] ; list

201

foreach w $words {
  if {[regexp {^[acgt]+$} $w]} { Echo <$w> }
}

<act> <at> <cat> <gag> <tact> <tag>

300

#Frequency of quads (case sensitive) in the cypher

foreach line [lrange $lines 0 53] {
  regsub -all {....} $line {& } line
  foreach word $line { append quad($word) . }
} ; foreach word [array names quad] {
  lappend quadcount [list $word [string length $quad($word)]]
} ; foreach pair [lsort -integer -index 1 $quadcount] {
  Echo $pair
} ; unset quad quadcount

CcGc 1 cCGc 1 CCgc 1 TATG 1 AAtC 1 AATc 1 CCgg 1 caTt 1 cGCG 1 Catt 1 cCGg 1 cCgG 1 AAtG 1 CTAa 1 ACGC 1 cTAG 1 cata 1 cCGt 1 AaTT 1 CaCA 1 cACC 1 cCga 1 AAta 1 aAtA 1 ccgC 1 TATg 1 cCgc 1 AAtc 1 aATc 1 Ccgg 1 catt 1 GCGC 1 cCgg 1 ccGg 1 AAtg 1 TCGA 1 GaTT 1 GCGG 1 TCGC 1 aCGA 1 TCGG 1 TaTT 1 TAtT 1 TATt 1 CTag 1 cCgt 1 ccGt 1 aATt 1 AatT 1 ACgG 1 GaTa 1 gAtC 1 cAcA 1 CAca 1 cACa 1 CaCa 1 tATa 1 TaTa 1 gATg 1 GaTg 1 TaTc 1 tAtC 1 taTC 1 TatC 1 CacG 1 Cgca 1 AcGT 1 aCGT 1 aatA 1 Aata 1 tAtG 1 aaTc 1 Aatc 1 gCGA 1 GCgA 1 GcGC 1 gCGC 1 aAtg 1 GAtt 1 gaTT 1 GcGG 1 ctAa 1 CAct 1 CaCt 1 acGA 1 AcgA 1 ACga 1 tCGG 1 tATt 1 taTT 1 TaTt 1 AcgC 1 ctAg 1 cgCt 1 aaTt 1 aCGg 1 AcgG 1 GTAG 1 gaTc 1 gatC 1 Tata 1 taTa 1 TCgT 1 tatA 1 gatG 1 Tatc 1 tAtc 1 tatC 1 aCGt 1 aata 1 AcGt 1 tatG 1 GcgA 1 gcGA 1 GcGa 1 gCGa 1 gcGC 1 gCgC 1 aACA 1 AACa 1 tCgA 1 TCga 1 tCGc 1 TCgc 1 tCgC 1 TcgC 1 tcGC 1 acgA 1 aCga 1 tCGg 1 taTt 1 tAtt 1 TcgG 1 gTAC 1 GACT 1 aatt 1 aCgg 1 GTaG 1 ccTC 1 TCgt 1 TcgT 1 GaCA 1 gACA 1 cacg 1 acGt 1 tACA 1 TAcA 1 GAcG 1 gCga 1 TACc 1 GgCc 1 AaCa 1 aaCA 1 AacA 1 AAca 1 aACa 1 aAcA 1 tCga 1 tcGa 1 gcGg 1 Gcgg 1 ggCG 1 GGcg 1 AaCc 1 tcGc 1 tcgG 1 Tcgg 1 GtaG 1 gTAg 1 gCgt 1 aAcT 1 AaCt 1 tcgT 1 tcGt 1 GAca 1 gTAt 1 taCA 1 tAcA 1 gcga 1 gcgc 1 aAca 1 aacA 1 TacG 1 ggcG 1 tcgc 1 aAcg 1 gACt 1 Gtac 1 gAcT 1 GAct 1 gtAc 1 gcgt 1 CATg 1 aacT 1 taCa 1 CATt 1 gaCt 1 gAct 1 CAta 1 caTA 1 cATa 1 CatA 1 cATc 1 cAtC 1 CaTc 1 CcGA 1 CCgA 1 CCGa 1 AATA 1 CcGC 1 cCGC 1 caTT 1 CatT 1 CAtt 1 CTAC 1 gact 1 CTAG 1 cAta 1 CcGT 1 CCGt 1 Cata 1 cAtg 1 catG 1 caTg 1 CACA 1 cCGa 1 CcGa 1 CCga 1 aATA 1 AaTA 1 cCgC 2 AaTC 2 CcGg 2 catT 2 CcgG 2 AATg 2 GATT 2 CtAC 2 cCgT 2 ccGT 2 AAtT 2 ACGG 2 catc 2 GAtA 2 GATc 2 GAtC 2 cACA 2 tATA 2 gATG 2 GaTG 2 GATg 2 tATC 2 Ccga 2 ACGT 2 AatC 2 AatG 2 AaTg 2 CaCT 2 AcGA 2 tATT 2 ACgC 2 Ccgt 2 aCGG 2 gAtA 2 GatC 2 gaTC 2 CAcc 2 tAtA 2 gAtG 2 TAtc 2 ccga 2 tATg 2 TaTg 2 aatC 2 aAtc 2 GcGA 2 ccgg 2 AACA 2 TCgA 2 tCGA 2 TcGA 2 GCgG 2 tCGC 2 TcGC 2 CacT 2 TCgG 2 ccgt 2 aatT 2 gaTa 2 GCGt 2 GcGT 2 cAca 2 tAta 2 TcGT 2 gAtg 2 Gatg 2 ACgt 2 AcgT 2 tAtg 2 TACA 2 GCga 2 aatg 2 tcGA 2 TcGa 2 gcGG 2 GcgG 2 gaTt 2 GCgg 2 Gatt 2 Cact 2 Acga 2 TCgg 2 TcGg 2 TACT 2 gcGT 2 GCgt 2 gCgT 2 gata 2 AACt 2 tata 2 aCgt 2 Acgt 2 gcGc 2 gcgG 2 GgcG 2 acga 2 tatt 2 tCgg 2 GACt 2 Gcgt 2 acgt 2 CATT 2 GaCt 2 GacT 2 CaTA 2 CAtC 2 Gtag 2 TaCt 2 cATT 2 gtaa 2 cAtA 2 CaTa 2 CatC 2 CAtg 2 caTG 2 AATC 2 cAtT 2 CaTt 2 AATG 2 caTa 2 CCgT 2 GATA 2 TATA 2 CcgA 2 ccGA 2 AAtA 2 ACGA 3 TATT 3 CCgt 3 AATt 3 GaTA 3 gATA 3 GaTC 3 TaTC 3 aATa 3 tATG 3 aAtC 3 gATT 3 GAtT 3 aCGC 3 AcGC 3 GCGT 3 GaTc 3 gATc 3 caCA 3 GAtg 3 TAtg 3 Aatg 3 GatT 3 gCGG 3 GCGg 3 AcGa 3 ACgc 3 GCgT 3 Gata 3 caCa 3 acGT 3 aatc 3 GcgC 3 tCGa 3 gCGg 3 TcGc 3 cacT 3 Tatt 3 GcgT 3 GcGt 3 gCGt 3 gatc 3 caca 3 tcGT 3 gatg 3 gCgc 3 Gcgc 3 Tcga 3 acgc 3 GAcT 3 acgg 3 tACT 3 AacT 3 Tcgt 3 gcgg 3 tcgg 3 CAtA 3 TacT 3 tAcT 3 CCGG 3 CaTT 3 aaca 3 CCGT 3 CAtc 3 taCt 3 tAct 3 cATg 3 cAtG 3 CatG 3 aact 3 cCGG 3 cATt 3 CCgG 3 caTc 3 cAtc 3 GATG 3 aATC 4 ccGG 4 GATa 4 TaTG 4 TAtG 4 aaTC 4 GCGA 4 cACT 4 CAcT 4 GAtc 4 GatG 4 taTG 4 gAtT 4 cACt 4 cAcT 4 gAta 4 GcGg 4 cAct 4 AAcT 4 AaCT 4 TcGt 4 tatc 4 tatg 4 Gcga 4 gatt 4 gCgg 4 gACT 4 CATC 4 TAcT 4 aACt 4 tCgt 4 tcga 4 cATC 4 CaTC 4 tACt 4 TAct 4 caTC 4 Catc 4 aAtG 5 aATg 5 gATa 5 TCGT 5 gAtc 5 AACT 5 Tatg 5 gCgG 5 gAtt 5 caCt 5 CaTG 5 CAtG 5 aAct 5 aaCt 5 CaTg 5 aaTG 6 gaTg 6 aACT 6 TaCT 6 CATG 6 taCT 6 Aact 6 Tact 6 Catg 6 TATC 6 caCT 7 Gatc 7 cact 7 cATG 7 tact 7 GATC 7 CACT 8 gATC 8 TatG 8 gCGT 8 catg 9

301

# Frequency of quads (nocase)

foreach line [lrange $lines 0 53] {
  regsub -all {....} [string tolower $line] {& } line
  foreach word $line { append quad($word) . }
} ; foreach word [array names quad] {
  lappend quadcount [list $word [string length $quad($word)]]
} ; foreach pair [lsort -integer -index 1 $quadcount] {
  Echo $pair
} ; unset quad quadcount

ggcc 1 aacc 1 aacg 1 cgca 1 gtat 1 gacg 1 tacc 1 cgcg 1 tacg 1 cgct 1 cctc 1 gtaa 2 ctaa 2 cacg 2 gtac 3 gaca 3 ctac 3 cacc 3 ctag 4 ggcg 5 gtag 6 taca 7 ccgc 9 acgg 11 aatt 12 aata 13 aaca 15 tcgc 15 tata 15 ccga 15 acgc 16 gcgc 17 tcgg 17 acga 18 tatt 18 cata 18 caca 19 acgt 20 gcga 20 gact 20 ccgt 21 catt 23 tatc 24 ccgg 25 tcga 25 tcgt 26 aatc 30 gatt 31 aatg 32 gata 33 gatg 34 gcgt 37 catc 38 gcgg 39 tatg 45 aact 50 gatc 54 tact 56 cact 58 catg 60

302

# Frequency of bigraphs

foreach line [lrange $lines 0 53] {
  regsub -all {..}  $line {& } line
  foreach word $line { append quad($word) . }
} ; foreach word [array names quad] {
  lappend quadcount [list $word [string length $quad($word)]]
} ; foreach pair [lsort -integer -index 1 $quadcount] {
  Echo $pair
} ; unset quad quadcount

Cg 1 At 1 CG 2 Ag 2 aG 2 ag 3 AG 3 cg 4 cG 7 aC 13 ac 17 cC 17 Tt 18 Cc 19 cc 20 Ac 20 gT 20 AC 21 CC 21 tT 21 tt 22 Gg 22 TT 23 gG 23 Gt 23 GG 24 gg 29 gt 33 gc 34 Tg 34 AA 35 Aa 35 cT 39 aa 40 Ct 40 GT 40 tC 41 tG 41 Gc 42 GC 45 Tc 45 TG 47 aA 48 gC 49 tg 49 ct 53 tA 55 Ga 56 TA 56 ga 59 CT 62 ta 62 Ca 62 cA 63 CA 65 tc 65 gA 68 GA 71 Ta 73 ca 76 TC 79

303

# Frequency of bigraphs (nocase)

foreach line [lrange $lines 0 53] {
  regsub -all {..} [string tolower $line] {& } line
  foreach word $line { append quad($word) . }
} ; foreach word [array names quad] {
  lappend quadcount [list $word [string length $quad($word)]]
} ; foreach pair [lsort -integer -index 1 $quadcount] {
  Echo $pair
} ; unset quad quadcount

at 1 ag 10 cg 14 ac 71 cc 77 tt 84 gg 98 gt 116 aa 158 gc 170 tg 171 ct 194 tc 230 ta 246 ga 254 ca 266

304

# frequency of letters in 1st, 2md, 3rd, & 4th position in quad:

foreach line [lrange $lines 0 53] {
  regsub -all {....} [string tolower $line] {& } line
  foreach word $line {
       regexp {(.)(.)(.)(.)} $word - c1 c2 c3 c4
       append q1($c1) $c1
       append q2($c2) $c2
       append q3($c3) $c3
       append q4($c4) $c4
  }
} ; Echo "1st: $q1(a) $q1(c) $q1(g) $q1(t)" \
; Echo "2nd: $q2(a) $q2(c) $q2(g) $q2(t)" \
; Echo "3rd: $q3(a) $q3(c) $q3(g) $q3(t)" \
; Echo "4th: $q4(a) $q4(c) $q4(g) $q4(t)"

1st: aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc ggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggg tttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttt 2nd: aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc ggggggggg ttttttttttttttttttttt 3rd: aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa ccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc ggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggg ttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttt 4th: aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc gggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggg tttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttt

305

foreach c {a c g t} {
  foreach i {1 2 3 4} {
     Echo "Letter $c in position $i occurs [string length [set q$i\($c)] ] times"
  }
}

Letter a in position 1 occurs 219 times Letter a in position 2 occurs 718 times Letter a in position 3 occurs 21 times Letter a in position 4 occurs 206 times Letter c in position 1 occurs 304 times Letter c in position 2 occurs 332 times Letter c in position 3 occurs 247 times Letter c in position 4 occurs 216 times Letter g in position 1 occurs 307 times Letter g in position 2 occurs 9 times Letter g in position 3 occurs 331 times Letter g in position 4 occurs 284 times Letter t in position 1 occurs 250 times Letter t in position 2 occurs 21 times Letter t in position 3 occurs 481 times Letter t in position 4 occurs 374 times

306

join {I'm a bird!}

I'm a bird!

2004-11-03

by strick:

[edit]

Notice the frequency of case-insensitive quads (stanza 301) has much more interesting patterns than the frequency of case-sensitive (300). Leads me to think that capitalization is a separate dimension from whatever the letters 'acgt' mean.

by strick:

[edit]

The final line of the cypher CCGTACGTGACAAACADNAsRevengebyPopejonnyXPhreakNIC7Nocluesforboozethistimefuckers! starts with 16 letters in all caps: CCGTACGTGACAAACA or as 4 quads: CCGT ACGT GACA AACA I wonder if that isn't a key or a big clue...

by strick:

[edit]

Can I make a tcl workspace in a discussion message? 1 lsort [ info commands {[A-Z]*} ] Echo ReadAttachment

by strick:

[edit]

Stanza 304 nicely demonstrates how some letters have affinities for certain positions in the quad. In stanza 305 it's printed numerically. Notice that 'c' is the only one with no strong positional affinities.

Post a new message:

[EDIT to add more Tcl commands]